Naija es una criatura de los abismos que no conoce su pasado. Mientras nada plácidamente por los arrecifes de Aquaria, una entidad misteriosa le infunde recuerdos y conocimientos que cambiarán su existencia para siempre.
A partir de ese momento comienza Aquaria, una aventura en dos dimensiones en la que Naija, la protagonista, debe descubrir gradualmente su pasado y buscar a su familia a lo largo de amplios escenarios submarinos.
Además de la capacidad para nadar y respirar bajo el agua, en Aquaria puedes cantar mediante un sencillo sistema de tonos y colores que pueden atraer aliados, liberar bonificaciones y, a través de combos, formar escudos o cambiar de forma. Los controles de Aquaria son muy intuitivos, y tanto el minimapa como los menús son sencillos y rápidos de consultar.
Mientras que en la forma normal Naija puede cantar o recolectar ítems, en la forma ofensiva tiene la posibilidad de atacar a criaturas hostiles mediante bolas de fuego. Esta versatilidad de Aquaria se muestra también en el sistema de recetas, con las que Naija puede mejorar sus atributos.
Aquaria ha sido definido como una mezcla de Ecco the Dolphin, Loom y Metroid. Tomando lo mejor de varios conceptos, consigue ofrecer una mezcla de extraordinaria intensidad y belleza. Un juego para todos los públicos y del que todos pueden disfrutar.
